知网查重系统在进行论文查重时，确实会对参考文献进行处理，但具体的查重规则可能会因不同的版本和设置而有所不同。一般来说，知网查重系统会将参考文献部分与正文部分分开处理。在查重过程中，系统会优先对论文的主体内容进行比对，主要关注的是作者原创性和学术不端行为。对于参考文献的处理，知网会根据引用的格式和内容来判断其是否符合学术规范。如果参考文献是按照标准格式引用的，且没有抄袭他人的研究成果，那么在查重报告中通常不会对其进行标记。但如果参考文献部分存在大量的抄袭、剽窃或格式不当等问题，知网系统可能会将其纳入查重范围，影响最终的查重结果。因此，建议作者在撰写论文时，务必注意参考文献的规范引用，确保其符合学术要求。

除了参考文献的处理，知网查重系统还会依据论文的整体结构、格式和引用情况进行综合评估。对于学术论文而言，参考文献不仅是展示研究基础的重要部分，也是体现学术诚信的关键。知网查重系统在查重时，会分析论文中引用的所有文献资料，包括期刊文章、书籍、会议论文等，确保这些引用是合法且合规的。如果引用的文献资料存在问题，那么无论是在参考文献部分还是正文中，都会影响到查重结果。因此，在使用知网查重系统之前，作者应确保参考文献的准确性和完整性。此外，知网查重系统还提供了多种查重模式，针对不同类型的论文，作者可以选择适合的查重方式，以便更好地了解自己的论文在学术界的原创性和合规性。总之，知网查重系统对参考文献的处理是一个复杂的过程，作者应对此有清晰的认识，以便在学术写作中更好地规避潜在的风险。